HijackThis pozwala na uporanie się ze złośliwym oprogramowaniem. Umożliwia wyszukanie komponentów takich jak dodatkowe paski narzędzi (toolbars), kontrolki ActiveX, dialery, programy szpiegujące itd. Wyniki wyszukiwania są prezentowane w postaci logu podzielonego na cztery części: R - wpisy w rejestrze dot. domyślnej strony startowej i strony wyszukiwania, F - wpisy do plików uruchamianych przy starcie systemu, N - analogicznie jak R ale dla Netscape i Mozilli oraz O - pozostałe ustawienia. Każdy z wykrytych wpisów, komponentów czy programów można naprawić bądź usunąć. Log można też zapisać do pliku w celu późniejszej analizy bądź konsultacji z ekspertem.