Jednym z ograniczeń systemów Windows NT/2000/XP/2003 jest brak możliwości defragmentacji plików otwartych w tzw. trybie wyłącznym. Większość standardowych programów nawet nie potrafi pokazać jak wygląda wydajność pliku stronicowania, nie mówiąc już o jego defragmentacji. Pliki stronicowania lub rejestru, które nie są wydajnie, mogą być główną przyczyną spowolnienia systemu. System File Defragmenter korzysta z zaawansowanej techniki niedostępnej w innych narzędziach. Dzięki temu może optymalizować te "nietykalne" dane.